الأمانة العامة لمجلس التعاون لدول الخليج العربية هي المسؤولة عن التنسيق والتخطيط ووضع البرامج المتكاملة للعمل المشترك بين دول مجلس التعاون لدول الخليج العربية و إعداد الدراسة الخاصة بالتعاون والتنسيق والخطط والبرامج المتكاملة للعمل المشترك، وإعداد تقارير دورية عن أعمال المجلس و متابعة تنفيذ القرارات، و إعداد التقارير والدراسات التي يطلبها المجلس الأعلى أو المجلس الوزاري، والتحضير للاجتماعات وإعداد جدول أعمال المجلس الوزاري ومشروعات القرارات، وغير ذلك من المهام النظام الأساسي و يقع مقر الأمانة في حي السفارات شمال مدينة الرياض عاصمة المملكة العربية السعودية، الأمين العام الحالي لمجلس التعاون لدول الخليج العربية هو نايف فلاح الحجرف
